Demi terwujudnya PTM (Pembelajaran Tatap Muka), pelajar SMP dan SMA ikut menjadi sasaran prioritas vaksinasi Covid-19 selain lansia. Tidak terkecuali di Kota Balikpapan, sejak September 2021 Puskesmas Gunung Samarinda aktif melaksanakan vaksinasi bagi anak sekolah. Baik itu dilaksanakan di puskesmas, atau di sekolah peserta vaksinasi. 

Beberapa sekolah yang masuk ke dalam wilayah kerja Puskesmas Gunung Samarinda dan menjadi tempat pelaksanaan vaksinasi antara lain SMAN 2, SMKN 2, SMPN 3, SMPN 6, dan SMP Nusantara Balikpapan. Ribuan murid dari kelima sekolah ini sudah mendapatkan vaksinasi dosis pertama, dan akan mendapatkan dosis kedua pada bulan Oktober. 

Salah satu kegiatan vaksinasi massal dengan target 2500 total sasaran dilaksanakan pada tanggal 13 September 2021, di SMKN 2 dan SMAN 2 Balikpapan. Acara ini dapat terlaksana karena pemberian vaksin oleh BIN Kaltim. Acara dibuka langsung oleh Kepala BIN Brigjen TNI Dani Koswara, dengan turut dihadiri oleh Kepala Dinkes Kota Balikpapan Andi Sri Juliarty, Asisten I Syaiful Bahri, dan Kapolresta Balikpapan Kombes V Thirdy Hadmiarso. Kegiatan ini menghadirkan pula Presiden Joko Widodo melalui video conference.

Dengan digencarkannya vaksinasi bagi pelajar, mereka berharap kegiatan belajar di sekolah akan berlangsung seperti sedia kala walaupun harus tetap mematuhi protokol kesehatan.