Sejak bulan Maret 2021 Puskesmas Gunung Samarinda secara aktif melaksanakan vaksinasi setiap minggu apabila dosis vaksin tersedia. Vaksinasi yang semula ditujukan untuk lansia dan pelayan publik, mulai bulan Juni turut menyasar kategori pralansia. Hal ini disesuaikan dengan urutan kerentanan sasaran kelompok. Mereka yang berusia lanjut atau memiliki pekerjaan yang mengharuskan kontak dengan orang lain seperti tenaga kesehatan dan guru memiliki risiko tertular COVID 19 yang lebih tinggi. Meski begitu, dilansir dari portal berita CNN Indonesia, data Kemenkes per 3 Juni 2021 mencatat capaian dua dosis lengkap vaksinasi pada lansia hanya 10,5 persen, tidak seimbang dengan pelayan publik yang telah mencapai 42,42 persen. Hal ini dikarenakan oleh beberapa alasan seperti lansia menolak enggan datang ke fasilitas kesehatan hingga pemerintah daerah yang belum memprioritaskan lansia.

Bila dilihat dari kasus yang terjadi di Puskesmas Gunung Samarinda, walaupun lansia adalah prioritas utama penerima vaksin, pada kenyataannya ada beberapa calon peserta yang menolak vaksinasi. Beberapa alasan tersebut adalah sakit, sedang berada di luar kota, atau mengaku takut jarum suntik. 

Untuk memudahkan peserta vaksinasi, alur pelayanan yang semula 4 meja kini menjadi 2 meja. Peserta mengambil nomor antrean dan mengisi formulir, lalu dipanggil oleh dokter untuk melakukan skrining kesehatan. Skrining tersebut sangat penting demi menentukan bisa atau tidaknya orang tersebut divaksinasi demi mencegah KIPI (Kejadian Ikutan Pasca Imunisasi). Setelah divaksinasi, peserta akan mendapatkan kartu vaksinasi.